Je molekulární diagnostika v místě péče připravena na svou premiéru?

Je molekulární diagnostika v místě péče připravena na svou premiéru?

Molekulární diagnostika v místě péče (POC) vyplnila kritickou mezeru v testování během pandemie COVID-19. Nyní se rozšířila na respirační panely využívající 4plexový design hlavních akčních patogenů s podobnými příznaky (COVID-19, chřipka A, chřipka B a RSV). 

Společnosti LGC Clinical Diagnostics a GenomeWeb sponzorovaly nedávný webinář s názvem Point-of-Care Molecular Diagnostics: Výzvy a příležitosti. Doktor Jeff SoRelle, odborný asistent patologie na UT Southwestern Medical Center a ošetřující lékař klinické patologie a molekulárně genetické patologie, v něm hovoří o tom, co je třeba zvážit při zavádění POC testování - od typu a zdroje vzorku až po způsob jeho odběru.

Chcete-li se dozvědět více a získat přístup k rozsáhlým otázkám a odpovědím s Dr. SoRelle, stáhněte si webinář kliknutím zde.

Proč používat molekulární diagnostiku?

Tato analýza DNA nebo RNA je užitečná pro amplifikaci malého množství materiálu. Obvykle se provádí pomocí PCR, ale k amplifikaci lze použít i jiné metody, například izotermickou amplifikaci, která se více používá v prostředí POC. Při ní se k amplifikaci cíle používá jediná teplota.

Proč amplifikovat?

Mikrobiologie je jedním z mála diagnostických scénářů s amplifikací. Je účinná zejména pro vysokou citlivost a detekci malého počtu organismů a mrtvých, poškozených nebo nekultivovatelných organismů. Další významnou výhodou je rychlá realizace. Kultivace viru může trvat několik dní a musí být prováděna ve specializovaném prostředí. Díky amplifikaci může testování POC poskytnout výsledky za méně než 48 hodin.

Jaké jsou problémy amplifikace?

Existují problémy s amplifikací, takže otázka zní: "Poskytne interpretace klinicky významné informace?". U COVID měli někteří lidé, kteří byli dva týdny nebo déle po infekci, pozitivní hodnoty TK, ale pozitivita PCR ukázala velmi nízkou hladinu přítomného viru.

Při amplifikaci se mohou vyskytnout technické problémy, jako je kontaminace a inhibice, které způsobují falešně pozitivní výsledky. Kontaminanty z procesu extrakce nebo přítomné ve vzorku mohou inhibovat PCR.

Jaké je srovnání vzorků a metod odběru?

Přesnost je obvykle nepřímo úměrná invazivitě metody odběru vzorků. Zdravotnických pracovníků byl během pandemie nedostatek a je jich nedostatek i dnes, což činí samoodběr vzorků atraktivním.

Dr. SoRelle se na webináři podělil o studie zkoumající citlivost různých vzorků - stěrů z nosu, orofaryngu, nazofaryngu a slin. Každý z nich má své kompromisy při vyvažování komfortu, invazivity a přesnosti.

Jeden článek zkoumal 16 studií představujících téměř 6 000 pacientů v různých prostředích, včetně lůžkových a ambulantních. Autoři zjistili, že citlivost u slinného amplifikačního testu byla 83 % ve srovnání s 85 % u nazofaryngeálního (zlatý standard). [1]

Studie provedená na počátku pandemie zjistila 97% citlivost pro nasofaryngeální, 90% pro orofaryngeální a 84% pro nosní samoodběr. Některé rozsáhlejší studie ukazují, že samoodběr funguje, ale má tendenci k nižší citlivosti, protože pacienti nejsou při odběru vzorků tak důslední jako zdravotníci. [2] [3]

V jiné studii zdravotničtí pracovníci odebírali vzorky od pacientů odeslaných k testování COVID. O několik dní později pak pacienti provedli videonávodem samoodběr stěrů v testovacím zařízení. Samoodběr měl nižší citlivost, ale pouze u pozdních infekcí, zejména po dvoutýdenním období. [4] [5]

Posunutí molekulární diagnostiky POC za hranice COVID

U COVID má samoodběr obecně tendenci mít nižší citlivost. Výtěry z nosu jsou podobné jako výtěry z nosohltanu a dobře fungují i sliny. Vzhledem k tomu, že jiná respirační onemocnění mohou být v jiných částech dýchacího traktu, přenáší se zkušenosti s COVID na chřipku nebo RSV?

Již v roce 2007 se několik wisconsinských studií zabývalo citlivostí vzorků odebraných vlastními silami oproti vzorkům odebraným zdravotnickými pracovníky při testování chřipky. Citlivost nasofaryngeálních vzorků vyšla ve třech různých studiích dobře, 94 % až 100 %. Výtěry z nosu byly o 10 % až 20 % nižší.

Nedávná kalifornská studie testování chřipky zjistila, že nosní místa jsou důležitá. Dokonce i nosní versus středoušní výtěr může mít rozdíl v citlivosti 15 bodů. Dalším zjištěním bylo, že nasofaryngeální vzorky odebíraly asi o čtyři hodnoty TK vyšší než vzorky z nosu. [6] [7] [8] [9]

Mají v případě RSV, podobně jako v případě chřipky, vliv rozdíly v nosní lokalizaci a zlepšuje PCR citlivost nosního výtěru na RSV?

Studie 100 dětí testovaných nosohltanem zjistila, že POC test má solidní citlivost a specificitu. Nosní RT-PCR zvýšila hladiny vyšší než POC testování antigenu, takže odběr nosohltanu pro RSV je vhodnou volbou.

Klady a zápory molekulární diagnostiky POC

Testování lze provádět u lůžka pacienta nebo v ambulanci. Decentralizuje testování mimo velké laboratoře, které jsou známé tím, že zpracování vzorků trvá dlouho. Je nákladově efektivnější a výsledky se k pacientům dostanou rychleji. Potřeba vybavení je minimální. Minimalizuje také zátěž centralizovaných laboratoří.

POC testování vyžaduje další administrativní práci. Každý, kdo testování provádí, musí být certifikován, vyškolen a testován, aby bylo zajištěno, že pokaždé dodrží postupy kontroly kvality. Tyto základní požadavky zajišťují přesné testování, ale představují další zátěž pro ošetřovatele. U POC testů je také vyšší riziko chyb, protože jsou méně regulované.

Klíčové úvahy

Co potřebujete (a budete potřebovat) pro svůj klinický výkon v oblasti obecného respiračního testování? Doporučuje se, aby obsahoval alespoň čtyři akutní patogeny. Zásadní je také typ vzorku.

Existuje určitý tlak na přechod ke snadno odebíratelným typům vzorků. Zdravotnické systémy vidí příležitost, jak poskytovat méně pracné a levnější testování, které je pro pacienty jednodušší. Ale kdykoli změníme proces testování a není schválen FDA, potřebujeme laboratorně vypracované protokoly o testování, abychom potvrdili, že pracujeme v přijatelných mezích.

Při rozhodování o nabídce nového testu jde o to, co je nejlepší pro pacienty, lékaře i laboratoř. Bez ohledu na to, co si vyberete, komunikujte se svými poskytovateli, aby pochopili omezení testu a další typy vzorků nebo metody testování.

Klíčové poznatky

  • Vzorky odebrané vlastními silami mají o 5-10 % nižší citlivost než vzorky odebrané zdravotnickými pracovníky.
  • Vzorky slin COVID-19 jsou rovnocenné se vzorky z hltanu, zejména v časném infekčním období.
  • Alternativní vzorky nejsou rovnocenné mezi respiračními patogeny.
  • Chcete-li se dozvědět více informací a získat přístup k rozsáhlým otázkám a odpovědím s Dr. SoRelle, stáhněte si webinář kliknutím zde.

Reference

  • Srovnání testování amplifikace nukleových kyselin slin a nosohltanového výtěru pro detekci SARS-CoV-2: systematický přehled a metaanalýza; Guillaume Butler-Laporte, MC. Alexander Lawandi, MD MSc. Ian Schiller, MSc. Mandy Yao, BSC. Nandini Dendukuri, PHD. Emily G. McDonaldová, MD. Todd C Lee, MD, MPH; JAMA Internal Medicine
    Waggoner JJ et. JAMA Net. Otevřeno. 2022
  • Therchilsen JH et al. Diagnostics (Basel). 2020
  • Self-Collected versus Healthcare Worker-Collected Swabs in the Diagnosis of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (Samostatně odebrané stěry versus stěry odebrané zdravotnickými pracovníky v diagnostice těžkého akutního respiračního syndromu).
  • Johan H. Therchilsen, Christian von Buckwald, Anders Koch, Susanne Dam Nielsen, Daniel B. Rasmussen, Rebekka Faber Thudium, Nikolai S. Kirkby, Daniel E.T. Rasschou-Pederson, Johan S. Bundgaard, Kasper Iversen, Henning Bundgaard a Tobias Todsen. Irving, Stephanie et. Clin Med Res, 2012 PMID: 22723469
  • Temte JL et al. PLOS Glob Public Health. 2023 PMID: 37224148
  • Goyal S et al. Chřipka Ostatní respirační viry. 2017 PMID: 2871903
  • Frazee BW et al. Ann Emerg Med. 2018 PMID: 29174837